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Pour Yann Le Bohec (en 1995), on connait la première bataille d'Alésia, qui vit en -52, la défaite de Vercingétorix devant les troupes de César. On sait maintenant qu'il y en a eu une seconde, commencée au XIXème siècle, lorsque la Bourgogne et la Franche-Comté se disputèrent la propriété du site. Il présente l'historique de la controverse sur la localisation du site et notamment la querelle opposant au 19ème siècle Alise-Ste-Reine (Côte d'Or) et Alaise (Doubs), querelle qui s'est poursuivie jusqu'au milieu du 20ème siècle.

En 1938, Xavier Guichard, commissaire de police et archéologue, défenseur de la thèse Alésia = Alaise polémique avec les tenants de la thèse officielle (Alise-Sainte-Reine) suite à un article de P. Lebel paru en 1937 dans "Les Annales de Bourgogne” critiquant son ouvrage “Eleusis-Alesia”. L'essentiel de l'argumentation défensive de Xavier Guichard est d'ordre étymologique.

2ème partie de l'article de Georges Colomb dans le Pays Comtois, répondant en 1935 à la critique de Faugeroux sur la localisation d'Alésia à Alaise. Colomb tente de convaincre Faugeroux et d'emblée affirme que l'Alésia de César ne peut se trouver que sur la rive gauche de la Saône. Il rejette l'argument de la non-mention par César des rivières traversées, cas pourtant très fréquent dans le Bellum Gallicum.

Franck Ferrand rappelle, dans cet article de 2009,  les éléments clés de la controverse sur la localisation d'Alésia à Alise-Sainte-Reine qui n'a cessé de se développer depuis la décision de Napoléon III. Il présente la démarche d'André Berthier (établissement d'un portrait-robot) et sa découverte du site de Chaux-des-Crotenay - Syam - Cornu, celui-ci se révélant être une zone riche en vestiges archéologiques celtiques et romains.