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Après la diffusion autour du 12 novembre 1966 d'une dépêche de l'AFP reprise par la radio et plusieurs titres de la presse nationale et régionale, dépéche évoquant les travaux d'André Berthier dans le Jura, celui-ci adresse le 21 novembre une lettre formelle à son directeur André Chamson pour lui expliquer l'affaire. Dans la lettre manuscrite accompagnant l'officielle, Berthier se dit contrarié et même affligé par l'initiative prise à son insu par un journaliste de l'agence d'Alger de l'AFP.

Dans ces six lettres à son ami Jean Pernot (premier semestre 1966), André Berthier évoque un certain nombre de “points chauds”. En février, il se dit satisfait du report de la parution de l'article de Dunoyer (Le Monde), ce qui permettra de consolider le texte et d'éviter des problèmes avant la réunion de la Commission Supérieure des Fouilles. Dans la lettre du 25 février, il fait aussi part de nouvelles transmises par son ami Jean-Philippe May : Lerat a été remis à sa place et Quoniam devrait rapporter sur les travaux Berthier et la demande de crédit.

Pierre Jeandot a eu connaissance des articles de presse diffusés en novembre 1966 sur les travaux de Berthier à Cornu. Il lui écrit pour en savoir plus et surtout pour savoir comment il doit réagir aux attaques des “alisiens” et comment il doit défendre la thèse Berthier. Il fait par ailleurs part de ses découvertes sous la Côte Poire (mur de pierre sèche, tumulus-nécropole funéraire) ainsi qu'au Nord d'Entre-deux-Monts (blocs énormes) et à la ferme du Châtelet (ramassage de poterie rouge).

Avant et après son séjour estival dans la Jura, André Berthier reste régulièrement en contact avec Jean Pernot. (lettres du 22 juin, 31 juillet, 20 août, 28 août, 21 septembre et 23 novembre). En juin, il indique que le problème d'Alésia est complexe et qu'il n'a pas encore bien compris la stratégie de Vercingétorix, d'où sa volonté de poursuivre intensément son enquête (“toute ma volonté est tendue vers l'aboutissement de grands projets qui puissent changer ma vie...