Deux lettres du 21 nov. 1966 d'A. Berthier au directeur des Archives de France : affaire AFP

Après la diffusion autour du 12 novembre 1966 d'une dépêche de l'AFP reprise par la radio et plusieurs titres de la presse nationale et régionale, dépéche évoquant les travaux d'André Berthier dans le Jura, celui-ci adresse le 21 novembre une lettre formelle à son directeur André Chamson pour lui expliquer l'affaire. Dans la lettre manuscrite accompagnant l'officielle, Berthier se dit contrarié et même affligé par l'initiative prise à son insu par un journaliste de l'agence d'Alger de l'AFP. Le journaliste de l'agence ayant des attaches avec Champagnole a cru plaisant d'unir l'Algérie et le Jura à travers la thèse imaginée par Berthier à Constantine quitte à accumuler erreurs et maladresses. Il vient donc s'excuser auprès de Chamson.

Dans la lettre officielle, dactylographiée, Berthier redit sa contrariété et, pour rétablir la vérité, adresse à Chamson un compte rendu de son activité lors de son séjour dans le Jura entre le 11 et le 25 septembre. Il évoque les contacts qu'il a alors eus dans le Jura, ayant bien précisé à ses interlocuteurs qu'il n'était là qu'en touriste puisqu'interdit de fouilles. Il évoque la visite proposée sur le terrain le 15 septembre et la conférence à Champagnole le 20 septembre. Aux jeunes champagnolais, il a proposé un atelier de reconnaissance de terrain et de levé de plan, mais pas de fouille. Lors de ces deux évènements, un des participants en vacances à Champagnole s'est annoncé comme correspondant de l'AFP à Alger : c'est lui qui a dû, selon Berthier, être l'auteur de la dépêche de presse. Le texte publié dans le Figaro laisse entendre que Berthier a poursuivi ses travaux en 1966 et a exhumé des murailles : si ce mur existe bien et a fait l'objet du rapport de la campagne 1965, il n'est en aucune façon le résultat d'investigations de l'été 1966. Il termine sa lettre  en réclamant “plus de liberté, qui est le droit de ceux qui travaillent à éclaircir les énigmes de l'histoire, où la notion de dogme est bannie”.